Vào thế kỷ XV, những người du mục Tutsi (còn gọi là người Watutsi), được xem là một dân tộc từ Ethiopia đến, bắt đầu cuộc chinh phục người Hutu. Họ thành lập vương quốc Mwami và thống trị theo thể chế quân chủ chuyên chế. Những người châu Âu đầu tiên đến thám hiểm vùng hồ Tanganyika từ năm 1858.

Vùng lãnh thổ này bị sáp nhập vào Đông Phi thuộc Đức (1891) và cùng nước láng giềng tạo thành lãnh thổ Rwanda-Urundi đặt dưới sự ủy trị của Bỉ từ sau Chiến tranh thế giới thứ I.

Năm 1962, Burundi giành được độc lập và trở thành vương quốc dưới sự cai trị của Quốc vương Mwami Mwambutsa IV thuộc sắc tộc Tutsi. Cuộc nổi loạn của người Hutu diễn ra vào năm 1965 dẫn đến sự trả đũa man rợ của người Tutsi. Năm 1966, Mwambutsa bị con trai là Ntaré truất phế. Đến lượt người này, Quốc vương Ntaré, lại bị một sĩ quan người Tutsi là Michel Micombero lật đổ trong cùng năm ấy. Cuộc xung đột sắc tộc giữa người Hutu và nhóm thiểu số người Tutsi dẫn đến tàn sát lẫn nhau (1972-1973). Năm 1976, trung tá J. B. Bagaza chỉ huy nhóm sĩ quan người Tutsi lật đổ Tổng thống M. Micombero. Năm 1987, Tổng thống J. B. Bagaza bị một sĩ quan người Tutsi là P. Buyoya lật đổ trong cuộc đảo chính quân sự. Cuộc xung đột sắc tộc lại xảy ra năm 1988.

Tiến trình dân chủ hóa được xúc tiến từ năm 1988, cán cân quyền lực giữa người Hutu và người Tutsi được quân bình.

Hiến pháp năm 1992 thông qua thể chế đa đảng. Năm 1993, Melchi N'Dadaye, đại diện đầu tiên của người Hutu đắc cử Tổng thống, nhưng N'Dadaye bị quân đội thuộc nhóm người Tutsi ám sát. Người kế nhiệm là Tổng thống C. Ntaryamira cùng Tổng thống Juvénal Habyarimana của Rwanda bị chết trong vụ nổ máy bay tại thủ đô Kigali (Rwanda) năm 1994. Bạo lực lại bùng nổ giữa quân đội người Tutsi và người Hutu.

Năm 1996, quân đội tiến hành cuộc đảo chính và đưa Tổng thống P. Buyoya trở lại cầm quyền. Hơn 200.000 người bị giết kể từ khi cuộc xung đột bắt đầu, cả quân đội người Tutsi và lực lượng nổi loạn người Hutu phải chịu trách nhiệm cuộc tàn sát này. Ông Nelson Mandela được chỉ định làm người trung gian hòa giải cho cuộc chiến này vào đầu năm 2000. Tháng 7 năm 2001, một Hiệp định hòa bình mong manh và thỏa thuận chia sẻ quyền lực được ký kết giữa Chính phủ và 18 phe nhóm chính trị, nhưng phe nổi loạn Hutu đấu tranh chống Chính phủ không đồng ý tham dự. Nội chiến lại tiếp tục trong năm 2002, những cố gắng nhằm ký một hiệp định ngừng bắn không đạt được thành công nào.

Tháng 7 năm 2005, Burundi đã bầu Hạ viện và Thượng viện theo chế độ đa đảng. Ngày 19 tháng 8 năm 2005, Hạ viện đã bầu ông Pierre Nkurunziza làm Tổng thống.[8]